農地を農地以外にすることを「農地転用」といいます。
農地に家を建てたり、駐車場にしたり、資材置場にしたりといった場合にはこの「農地転用」が必要になります。
農地転用するには農地法による許可が必要となります。（農地法は農地を守る法律で農地の転用を規制している）
また自分の所有のままで転用するのか？権利の移転（例えば相手に売るなど）を伴う転用なのかで許可の種類が変わります。前者であれば農地法４条、後者であれば農地法５条の許可が必要となります。
農地法４条の許可の場合は、自分の土地を転用するので問題にはならないのですが、農地法５条の許可の場合、自分（売主）と相手（買主）が存在するので、タイトルのような
「農地転用の費用は売主と買主のどちらが払うのか？」
といった問題が生じます。ではどちらが農地転用の費用を払わなければならないのでしょうか？
結論から言うと「どちらが払ってもよい」です。特に決まりはありません。
ただし、一定のパターンはあるのではないでしょうか？
例えば、売主が農地を売りたい、手放したいと考えているのであれば売りやすくするには売主側で費用を負担した方が売れやすくなりますし、買主に負担してもうらうならその分売れにくくなります。
農地法５条の許可は「農地転用のすぐ着手できること」「農地転用する資金があること」等といった要件があり、要するに農地転用の計画（例えば具体的に土地の利用計画やどんな家を建てるのかといった図面ができているなど）がないと許可されません。
ですので買主が買いたいという場合にはすでに計画（転用費用の負担を含んだ）ができているので、買主側が負担するといったこともあるでしょう。
結局のところケースバイケースであり、最終的には両者の話し合いによって決まる事であると言えます。
